Teknoloji Geliştirme Bölgelerinin sınırları içinde yürütülen faaliyetlere yönelik muafiyet, istisna ve indirim uygulamasına ilişkin esaslar aşağıda belirtilmiştir:
1. Yönetici şirketlerin, Kanunun uygulanması ile ilgili her türlü faaliyetleri sonucunda elde ettikleri kazançları 31/12/2023 tarihine kadar kurumlar vergisinden müstesnadır. Yönetici şirket, bu istisnaların uygulanabilmesi için bağlı bulunduğu vergi dairesine başvuruda bulunur. Yönetici şirket, ayrıca, Kanunun uygulanması ile ilgili olarak düzenlenen kâğıtlar yönünden damga vergisinden, yapılan işlemler bakımından harçlardan ve Bölge alanı içerisinde sahip olduğu taşınmazlar dolayısıyla emlak vergisinden muaftır.
2. Bölgede faaliyet gösteren gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin, münhasıran bu Bölgedeki yazılım, tasarım veya Ar-Ge faaliyetlerinden elde ettikleri kazançları 31/12/2023 tarihine kadar gelir ve kurumlar vergisinden müstesnadır. Bu istisnanın uygulanabilmesi için mükellefler bağlı bulundukları vergi dairesine başvuruda bulunurlar. Söz konusu istisnanın uygulanabilmesi için bu başvuruya, yönetici şirketten alınacak olan vergi mükellefinin Bölgede yer aldığını ve mükellefin faaliyet alanlarını gösteren belgeler de eklenir.
3. Bölgede çalışan; Ar-Ge, tasarım ve destek personelinin bu görevleri ile ilgili ücretleri 31/12/2023 tarihine kadar her türlü vergiden müstesnadır. Gelir vergisi stopajı ve sigorta primi işveren hissesine ilişkin teşviklerden yararlanacak olan destek personeli sayısı toplam Ar-Ge ve tasarım personeli sayısının yüzde onunu aşamaz. Destek personeli sayısı hesabında küsuratlı sayılar bir üst tamsayıya iblağ edilir. Destek personeli sayısının toplam Ar-Ge ve tasarım personeli sayısının yüzde onunu aşması hâlinde, brüt ücreti en az olan destek personelinin ücretinden başlamak üzere her türlü vergi istisnası uygulanır. Brüt ücretlerin aynı olması hâlinde, ücretine her türlü vergi istisnası uygulanacak destek personeli ise çalıştığı girişimci firma tarafından belirlenir. Hak kazanılmış hafta tatili ve yıllık ücretli izin süreleri ile 17/3/1981 tarihli ve 2429 sayılı Ulusal Bayram ve Genel Tatiller Hakkında Kanunda belirtilen tatil günlerine isabet eden ücretler de bu istisna kapsamındadır. Hesaplamada küsuratlı sayılar bir üst tamsayıya iblağ edilir. Haftalık kırk beş saatin üzerindeki ve ek çalışma sürelerine ilişkin ücretler bu istisnadan faydalanamaz. Yönetici şirket, ücreti gelir vergisi istisnasından yararlanan kişilerin Bölgede fiilen çalışıp çalışmadığını denetler. Bu istisnanın uygulanabilmesi için, ilgili girişimci, Bölgede çalışan ve bu Yönetmeliğe göre tanımlanmış tüm Ar-Ge, tasarım ve destek personelini, Ar-Ge ve tasarım projelerindeki görev tanımlarını, nitelik ve çalışma sürelerini gösteren listeyi aylık olarak yönetici şirkete onaylatır, inceleme ve denetimlerde ibraz edilmek üzere saklar. Bölgede çalışan personelin istisna kapsamı dışındaki net ücret ödemelerinin brüte iblağ edilecek vergisinin hesaplanması, bu hesaplama yapılırken Kanunla sağlanan vergi teşviklerinin dikkate alınmaması gerekir. Ar-Ge, tasarım ve destek personelinin bu Kanun kapsamında elde ettiği ücret, prim, ikramiye ve benzeri ödemeler de istisna kapsamına dâhildir. Bu bent kapsamındaki saat, oran, süre, ücret gibi konular aylık ve 30 gün esasına göre hesaplanır.
4. Atık su arıtma tesisi işleten Bölgelerden, belediyelerce atık su bedeli alınmaz.
5. Bölge içerisinde faaliyette bulunan gelir veya kurumlar vergisi mükellefleri, yazılım, tasarım veya Ar-Ge faaliyetleri dolayısıyla 4691 sayılı Kanunda yer alan vergisel teşviklerden bütün halinde yararlanabilirler. Bu durumda aynı yazılım veya Ar-Ge veya tasarım projesi için 13/6/2006 tarihli ve 5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanunu, 31/12/1960 tarihli ve 193 sayılı Gelir Vergisi Kanunu ile 5746 sayılı Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanunda yer alan vergisel teşviklerden ayrıca yararlanamazlar.
6. Bölgede yer alan işletmelerde çalışan Ar-Ge ve tasarım personelinin bu Bölgelerde yürüttüğü projelerle doğrudan ilgili olmak şartıyla, proje kapsamındaki faaliyetlerin bir kısmının Bölge dışında yürütülmesinin zorunlu olduğu durumlarda Bölge dışındaki bu faaliyetlere ilişkin ücretlerinin yüzde yüzünü aşmamak şartıyla Bakanlar Kurulunca ayrı ayrı veya birlikte belirlenecek kısmı gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilir. Bu bent kapsamında teşvikten yararlanılması için Bölge yönetici şirketinin onayının alınması ve Bakanlığın bilgilendirilmesi zorunludur. Yönetici şirketin onayı ile Bölge dışında geçirilen sürenin Bölgede yürütülen görevle ilgili olmadığının tespit edilmesi halinde, ziyana uğratılan vergi ve buna ilişkin cezalardan ilgili işletme sorumludur. Bu bent kapsamındaki istisnanın uygulanabilmesi için;
a) Girişimcinin yürüttüğü yazılım veya Ar-Ge veya tasarım projesinin bir kısmının Bölge dışında yürütülmesinin zorunlu olduğu hallerde, girişimci şirket, yazılım veya Ar-Ge veya tasarım projesinin Bölge dışında geçirilmesi gereken kısımlarına ilişkin gerekçeli teklifi ile çalışanların projeler itibarıyla sayıları ve nitelikleri, bu personelin projelerde görev aldığı süreler, ücretlerine ilişkin bilgiyi yönetici şirkete sunar.
b) Girişimci tarafından sunulan gerekçeli teklif yönetici şirket tarafından incelenir ve söz konusu yazılım veya Ar-Ge veya tasarım projesinin bir kısmının Bölge içinde yürütülemeyeceğinin (Bölge dışında yapılmasının zorunlu olduğunun) tespit edilmesi ile Bölge dışında yürütülen yazılım, tasarım veya Ar-Ge faaliyetlerinin Bölgede yürütülen aynı yazılım veya Ar-Ge veya tasarım projesi kapsamında olduğunun tespit edilmesi şartıyla, gerekçeli teklif yönetici şirket tarafından onaylanır.
c) Bölgede çalışan Ar-Ge veya tasarım personelinin, yürüttüğü yazılım veya Ar-Ge veya tasarım projesi ile ilgili Bölge dışında geçirdiği süreye ilişkin yazılım veya Ar-Ge çalışması yapılan kurum veya kuruluştan aldığı belge yönetici şirkete sunulur.
7. Bölgede yer alan işletmelerde en az bir yıl süreyle çalışan Ar-Ge ve tasarım personelinin yüksek lisans yapanlar için bir buçuk yılı, doktora yapanlar için iki yılı geçmemek üzere Bölge dışında geçirdiği sürelere ilişkin ücretlerin yüzde yüzünü aşmamak şartıyla Bakanlar Kurulunca ayrı ayrı veya birlikte belirlenecek kısmı, gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında değerlendirilir. Bu kapsamda teşvikten yararlanılması için Bölge yönetici şirketinin onayının alınması ve Bakanlığın bilgilendirilmesi zorunludur. Yönetici şirketin onayı ile Bölge dışında geçirilen sürenin onay kapsamında olmadığının tespit edilmesi halinde, ziyaa uğratılan vergi ve buna ilişkin cezalardan ilgili işletme sorumludur. Bu bent kapsamındaki istisnanın uygulanabilmesi için lisansüstü eğitimde geçirilecek süre, üniversiteden onaylı ders programı dikkate alınarak Bölge yönetici şirketinin onayı ile hesaplanır. Bu hesaplamalarda lisansüstü eğitimde alınan dersler kapsamında yapılacak araştırmalar da dikkate alınabilir. Bir buçuk ve iki yıllık sürelerin uygulamasında kayıt dondurma kapsamında geçen süreler dikkate alınmaz.
8. 31/12/2023 tarihine kadar uygulanmak üzere, Bölgede faaliyette bulunanlara Bakanlık tarafından uygun görülen alanlarda gerçekleştirecekleri projelerinin finansmanında kullanılmak üzere gelir ve kurumlar vergisi mükellefleri tarafından sağlanan sermaye destekleri, beyan edilen gelirin veya kurum kazancının yüzde onunu ve öz sermayenin yüzde yirmisini aşmamak üzere, 193 sayılı Gelir Vergisi Kanunun 89 uncu maddesi uyarınca ticari kazancın ve 5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanununun 10 uncu maddesine göre kurum kazancının tespitinde indirim konusu yapılır. İndirim konusu yapılacak tutar yıllık olarak 500.000 Türk Lirasını aşamaz. Bu maddede yer alan oranları ve parasal sınırı yarısına kadar indirmeye veya dört katına kadar artırmaya Bakanlar Kurulu yetkilidir. Bu kapsamdaki projelerin finansmanında kullanılmak üzere gelir ve kurumlar vergisi mükellefleri tarafından sağlanan sermaye desteklerinin iki yıl içerisinde ilgili projenin finansmanında kullanılmayan kısmı için indirim dolayısıyla zamanında tahakkuk ettirilmemiş vergiler gecikme faizi ile birlikte tahsil edilir. İndirim uygulamasından geçici vergi dönemleri itibarıyla da yararlanılır. Sermaye desteği aşağıdaki şekillerde verilebilir:
a) Gelir veya kurumlar vergisi mükellefleri tarafından sağlanan sermaye desteğinin, Bölgede faaliyette bulunan işletmelere, sermaye desteğini sağlayan mükelleflerce, işletmenin kuruluşunda veya sonrasında ortak olmak ve sermaye koymak suretiyle sağlanması zorunludur.
b) İndirim olarak dikkate alınabilecek tutar, gerçek kişiler açısından sermaye desteğinin sağlandığı takvim yılında elde edilen beyana tabi kazanç ve iratların toplam tutarından geçmiş yıl zararları ve tüm indirim ve istisnalar düşüldükten sonra kalan tutarın yüzde onu ile sınırlıdır. Kurumlar vergisi mükellefleri açısından ise sermaye desteğinin sağlandığı hesap dönemi başındaki öz sermayenin yüzde yirmisini aşmamak koşuluyla kurum kazancının en fazla yüzde onu ile sınırlı olup indirim tutarının tespitinde kurum kazancı olarak ticari bilanço kârı veya zararına kanunen kabul edilmeyen giderler eklenmek ve geçmiş yıl zararları ile varsa tüm indirim ve istisnalar düşülmek suretiyle bulunan tutar [Ticari bilanço kârı (zararı) + kanunen kabul edilmeyen giderler-geçmiş yıl zararları-tüm indirim ve istisnalar] dikkate alınacaktır.
9. Kanuna göre teknoloji geliştirme bölgesinde ve ihtisas teknoloji geliştirme bölgesinde faaliyette bulunan girişimcilerin kazançlarının gelir veya kurumlar vergisinden istisna bulunduğu süre içinde münhasıran bu Bölgelerde ürettikleri ve sistem yönetimi, veri yönetimi, iş uygulamaları, sektörel, internet, mobil ve askeri komuta kontrol uygulama yazılımı şeklindeki teslim ve hizmetlerinin, 25/10/1984 tarihli ve 3065 sayılı Katma Değer Vergisi Kanunu kapsamında katma değer vergisinden müstesna tutulması için yönetici şirketin onayı alınarak ilgili vergi dairesine başvuruda bulunulur.
10. Genel Müdürlükçe belirlenen şekle uygun olarak hazırlanmış olan, Bölge yönetici şirket ve Bölgede bulunan girişimcilerin faaliyetlerine ilişkin, kendi serbest muhasebeci mali müşaviri veya yeminli mali müşavirince onaylı yıllık bilgiler her yılın Mayıs ayı sonuna kadar elektronik ortamda Genel Müdürlüğe iletilir.
11. Bölgelere sağlanan destek, teşvik, muafiyet ve istisnalardan İhtisas Teknoloji Geliştirme Bölgeleri de aynen yararlanırlar.
a) Bölgelerde Kanun kapsamında yürütülen yazılım, Ar-Ge, yenilik ve tasarım projeleri ile ilgili araştırmalarda kullanılmak üzere ithal edilen eşya, gümrük vergisi ve her türlü fondan, bu kapsamda düzenlenen kâğıtlar ve yapılan işlemler damga vergisi ve harçtan istisnadır.
12. Bu istisna kapsamında ithal edilen eşya; Ar-Ge, yenilik ve tasarım projeleri ile ilgili araştırmalarda kullanılmak üzere Genel Müdürlükçe onaylanarak Tek Pencere Sistemi aracılığıyla Gümrük ve Ticaret Bakanlığına gönderilecek izinde belirtilen eşyadan oluşur.
a) Bu istisnadan yararlanacak işletmeler Genel Müdürlükçe belirlenen başvuru formu ve eklerine göre taleplerini Bölge yönetici şirketine bildirir. Bölge yönetici şirketi Yönetmeliğin 14 üncü maddesi kapsamında projeye uygunluğu açısından ithal eşya talebinin uygun olup olmadığını değerlendirir. Bölge yönetici şirketi bu kapsamda ithalini uygun gördüğü eşyaya ilişkin bilgileri de içeren başvuruyu Gümrük ve Ticaret Bakanlığı Tek Pencere Sistemi üzerinden Genel Müdürlüğe iletir.
b) Genel Müdürlük başvuruyu değerlendirir, uygun bulması halinde söz konusu başvuruyu onaylayarak gümrük işlemlerinde kullanılmak üzere Tek Pencere Sistemi üzerinden Gümrük ve Ticaret Bakanlığına bildirir.
13. Aşağıda sayılan faaliyetler, bu Yönetmeliğin uygulanmasında tasarım faaliyeti kapsamında değerlendirilmez:
a) Piyasa taramaları, pazar araştırması ya da satış promosyonu ve pazarlama faaliyetleri,
b) Kalite kontrol faaliyetleri,
c) Kuruluş ve örgütlenmeyle ilgili araştırma faaliyetleri,
d) Üretim ve üretim altyapısına yönelik yapılan yatırım faaliyetleri, ticari üretimin planlanması ve seri üretim sürecine ilişkin harcamalar,
e) Bir tasarım projesi kapsamında olmaksızın icat edilmiş ya da mevcut geliştirilmiş süreçlerin kullanımı,
f) Numune verilmek amacıyla prototiplerden kopyalar çıkarılıp dağıtılması ve reklam amaçlı tüketici testleri,
g) Bir tasarım projesi kapsamında olmaksızın yeni süreç, sistem veya ürün ortaya konulmasına hizmet etmeyen doğrudan veya gömülü teknoloji transferi,
h) Tasarım faaliyetleriyle geliştirilen ürüne veya sürece ilişkin fikrî mülkiyet haklarının edinimi dışında bu hakların korunmasına yönelik faaliyetler,
ı) Paris Sözleşmesinin 2.’nci mükerrer 6.’ncı maddesi kapsamında yer alan hükümranlık alametleri ile bu kapsam dışında kalan ancak kamuyu ilgilendiren, dini, tarihi ve kültürel değerler bakımından halka mal olmuş ve ilgili mercilerin tescil izni vermediği işaretlerin, armaların, amblemlerin, nişanların veya adlandırmaların uygunsuz kullanımını içeren tasarım faaliyetleri,
i) Kamu düzenine veya genel ahlaka aykırı tasarım faaliyetleri.
14. Bölgede muafiyet ve istisnaların uygulanması ile ilgili işlemler Maliye Bakanlığının ilgili mevzuatına tabidir.